De acordo com a Lei do FSM, a Assembleia da República estabelece os objectivos e a estrutura de governação do Fundo, enquanto o Governo, representado pelo Ministério das Finanças, formula a Política de Investimento e supervisiona a sua implementação pelo Banco de Moçambique (BM), que actua como gestor operacional dos activos do FSM.
A legislação prevê uma delegação adequada de responsabilidades, assegurando que não haja interferência do Governo nas operações diárias do BM nem nas decisões individuais de investimento.
Um Acordo de Gestão entre o Ministério das Finanças e o BM regula esta relação, garantindo transparência, responsabilização e prestação de contas.

A Assembleia aprova a Lei do Fundo Soberano e determina os objectivos do FSM, as regras de transferência e levantamento e a estrutura de governação do fundo.

O Governo formula a política de investimento, supervisiona a implementação da política de investimento e a gestão do FSM pelo Banco de Moçambique e produz as projecções das receitas de GNL

O Gestor do Fundo Soberano de Moçambique, implementador da política de Investimento e deve prestar contas ao Governo de Moçambique
A estrutura de governação inclui ainda dois órgãos consultivos. O Comité de Supervisão acompanha e fiscaliza a cobrança de receitas e reporta directamente à Assembleia da República.
O Conselho Consultivo de Investimento actua como órgão técnico de aconselhamento ao Governo em matérias relacionadas com a Política de Investimento do FSM.
Em conjunto, estes mecanismos procuram alinhar o FSM com as boas práticas internacionais aplicáveis aos fundos soberanos, incluindo os Princípios de Santiago.